COVID-19 : quand des virus persistants se réactivent

# COVID-19 sévère : la réactivation de virus persistants pourrait-elle participer aux symptômes qui durent ?

Une infection par le SARS-CoV-2 ne se déroule peut-être pas toujours en vase clos.

Notre organisme héberge en permanence de nombreux virus acquis au cours de la vie. Certains peuvent persister pendant des années, parfois toute la vie, généralement sous une forme silencieuse ou faiblement active. Lors d’un stress physiologique important, certains de ces virus peuvent toutefois se réactiver.

Une vaste étude publiée dans Nature le 5 août 2026 apporte de nouvelles données sur ce phénomène chez des personnes hospitalisées pour une COVID-19 (Maguire et al., 2026). Les chercheurs ont observé la réactivation de plusieurs virus persistants et ont identifié des associations avec la sévérité de la maladie, différentes réponses immunitaires et métaboliques et, pour une famille virale particulière, certains symptômes persistants après l’infection.

Ces résultats ajoutent une pièce intéressante au puzzle du Covid long, mais ils ne démontrent pas que ces réactivations virales en sont la cause.

Plus de 1 100 personnes suivies jusqu’à un an

L’étude repose sur la cohorte américaine IMPACC — Immunophenotyping Assessment in a COVID-19 Cohort.

Elle a suivi 1 154 personnes hospitalisées pour une COVID-19 dans 20 hôpitaux américains. Les participants ont été recrutés entre mai 2020 et mars 2021 et ont été suivis pendant leur hospitalisation puis jusqu’à 12 mois après celle-ci (Maguire et al., 2026).

Les chercheurs ne se sont pas limités à rechercher quelques virus dans le sang. Ils ont adopté une approche dite « multi-omique », combinant notamment la transcriptomique, l’étude des cellules immunitaires, les cytokines et chimiokines, la protéomique, la métabolomique et les anticorps dirigés contre certains virus.

Des prélèvements provenant du sang, du nez et, chez certains patients ventilés, des voies respiratoires inférieures ont également été analysés.

Cette approche permet d’observer simultanément ce qui se passe du côté des virus et du côté de l’organisme qui leur répond.

Des virus qui étaient déjà présents avant la COVID-19

Le phénomène étudié ne correspond pas à de nouvelles infections contractées pendant l’hospitalisation.

Plusieurs virus peuvent demeurer durablement dans l’organisme après une première infection. C’est notamment le cas de certains virus de la famille des Herpesviridae.

Les chercheurs ont ainsi détecté des signes d’activité de plusieurs virus persistants, dont le virus Epstein-Barr (EBV), le cytomégalovirus (CMV), HSV-1 et HSV-2, HHV-6 et différents membres de la famille des Anelloviridae.

Au cours des 40 premiers jours suivant l’hospitalisation, près de la moitié des participants évaluables — 550 sur 1 148, soit 47,9 % — avaient des transcrits détectables d’au moins un virus persistant étudié (Maguire et al., 2026).

Cela ne signifie pas nécessairement que chacun de ces virus provoquait une nouvelle maladie clinique. La détection de matériel transcriptionnel indique plutôt une activité virale compatible avec une réactivation.

Tous les virus ne se réactivent pas au même moment

L’un des résultats intéressants de l’étude est que les différents virus semblent suivre des trajectoires temporelles distinctes.

L’EBV apparaît relativement tôt. Des transcrits d’EBV étaient détectables chez environ 24 % des participants entre le premier et le huitième jour suivant l’admission, puis leur fréquence diminuait progressivement.

Les Anelloviridae présentaient une dynamique différente : leur fréquence demeurait relativement stable pendant les premières semaines avant de diminuer.

Le CMV et HSV-1 apparaissaient plutôt plus tardivement, avec un maximum autour de la troisième semaine d’hospitalisation.

Les chercheurs ont par ailleurs retrouvé des dynamiques similaires pour l’EBV, le CMV et les Anelloviridae dans une cohorte externe, ce qui renforce la robustesse de cette observation (Maguire et al., 2026).

Plus la COVID-19 était sévère, plus certaines réactivations étaient observées

La présence de transcrits provenant des Herpesviridae et des Anelloviridae était significativement associée à la sévérité de la COVID-19. Des associations ont notamment été retrouvées pour l’EBV, le CMV, HSV-1 et les Anelloviridae (Maguire et al., 2026).

Une question essentielle demeure : la réactivation virale aggrave-t-elle la maladie, ou la maladie sévère favorise-t-elle simplement la réactivation des virus ?

Cette étude ne permet pas de trancher. Une COVID-19 sévère constitue elle-même un stress physiologique et immunitaire majeur susceptible de faciliter la réactivation de virus normalement contrôlés par le système immunitaire.

Inversement, les chercheurs soulèvent l’hypothèse que certains virus réactivés pourraient contribuer à entretenir ou amplifier la réponse inflammatoire.

Les données actuelles montrent donc principalement une association, et non une relation de cause à effet.

Des modifications du système immunitaire accompagnent ces réactivations

Les analyses multi-omiques permettent d’aller plus loin qu’une simple observation de présence ou d’absence d’un virus.

La réactivation de différents virus était associée à des profils immunitaires particuliers. Chez les participants présentant certaines réactivations, les chercheurs ont notamment observé des variations de cytokines et chimiokines telles que IL-6, IL-10, CXCL10, CXCL11 ou IL-18 ainsi que des changements concernant certaines populations de lymphocytes T et B.

Des signatures métaboliques étaient également différentes, notamment dans les voies liées aux acides aminés et aux lipides (Maguire et al., 2026).

Autrement dit, la réactivation virale semble s’inscrire dans un environnement biologique plus large comprenant inflammation, activation immunitaire et perturbations métaboliques. Ces observations ne permettent toutefois pas encore de déterminer ce qui est la cause, la conséquence ou un mécanisme qui s’auto-entretient.

Et ce phénomène ne concerne pas uniquement les personnes immunodéprimées

La réactivation de virus persistants est bien connue dans les situations d’immunosuppression.

L’étude apporte cependant une observation importante : ces réactivations étaient également fréquentes chez des personnes considérées comme immunocompétentes.

Pour les Herpesviridae, les chercheurs n’ont notamment pas retrouvé de relation permettant d’expliquer les réactivations uniquement par un état d’immunosuppression préexistant (Maguire et al., 2026).

Cela suggère qu’une maladie aiguë sévère pourrait suffire, dans certaines circonstances, à perturber l’équilibre qui maintient habituellement ces virus sous contrôle.

Que se passe-t-il après la phase aiguë ?

C’est probablement l’aspect le plus intéressant de l’étude pour la recherche sur le Covid long.

Les participants ont été évalués pendant la convalescence à partir de questionnaires mesurant notamment leur fonction physique, leur fonctionnement cognitif, leur santé globale et certains symptômes.

Les chercheurs les ont regroupés selon quatre profils : absence ou très peu de déficits, déficits principalement physiques ou fatigue, déficits cognitifs, ou combinaison de déficits physiques et cognitifs.

Il faut souligner un résultat important : la présence d’une réactivation virale pendant la phase aiguë n’était pas significativement associée à ces différents profils de symptômes persistants.

Autrement dit, l’étude ne permet pas d’affirmer qu’une personne ayant présenté une réactivation de l’EBV pendant son hospitalisation développera davantage un Covid long.

Cette absence d’association doit néanmoins être interprétée avec prudence. Les auteurs signalent que l’abandon de participants pendant la convalescence, particulièrement parmi ceux ayant présenté une réactivation virale aiguë, a réduit la puissance statistique de cette analyse. Ils précisent également que les questionnaires utilisés avaient été conçus tôt dans la pandémie, avant que les phénotypes actuels du Covid long soient bien définis (Maguire et al., 2026).

Les Anelloviridae attirent néanmoins l’attention

Un autre signal apparaît lorsqu’on s’intéresse directement aux prélèvements réalisés pendant la convalescence.

Les transcrits d’Anelloviridae étaient significativement plus fréquemment détectés chez les participants appartenant au groupe présentant principalement des limitations physiques et de la fatigue.

Cette association persistait après ajustement pour plusieurs facteurs, notamment l’âge, la sévérité de la COVID-19 aiguë et l’utilisation chronique de médicaments immunosuppresseurs (Maguire et al., 2026).

Les chercheurs proposent donc que la présence de transcrits d’Anelloviridae puisse devenir une signature biologique potentielle associée à certaines manifestations physiques persistantes du Covid long.

Il ne s’agit actuellement ni d’un test diagnostique du Covid long ni d’un biomarqueur suffisamment validé pour être utilisé en pratique clinique.

Une association avec la dégranulation des neutrophiles

Les Anelloviridae étaient également associés à une signature d’expression génétique impliquant notamment la dégranulation des neutrophiles.

Les neutrophiles sont des cellules du système immunitaire inné capables de libérer rapidement différentes substances afin de lutter contre les agents infectieux.

La présence de cette signature soulève donc la possibilité qu’une activité des Anelloviridae puisse accompagner — ou potentiellement participer à — certains états inflammatoires persistants.

Les chercheurs restent cependant prudents : le rôle pathogène des Anelloviridae chez l’humain demeure mal défini, et leur présence pourrait aussi constituer un marqueur d’un système immunitaire perturbé plutôt que la cause directe des symptômes (Maguire et al., 2026).

Et l’EBV ?

L’EBV demeure une piste importante dans la recherche sur les syndromes post-infectieux.

Cette nouvelle étude confirme qu’il se réactive fréquemment lors des formes sévères de COVID-19. En revanche, les chercheurs n’ont pas observé davantage de transcrits d’EBV pendant la phase aiguë chez les personnes ayant ensuite développé les profils de symptômes persistants étudiés.

Cela n’exclut pas pour autant un rôle possible de l’EBV.

Les auteurs soulignent notamment que les réponses immunitaires et les anticorps dirigés contre l’EBV pourraient raconter une histoire différente de la simple détection du virus dans le sang ou les voies respiratoires. Des recherches supplémentaires seront donc nécessaires pour comprendre cette relation (Maguire et al., 2026).

Une limite majeure : ces patients ont été infectés au début de la pandémie

Il faut également replacer cette étude dans son contexte.

Les 1 154 participants avaient tous été hospitalisés, n’étaient pas vaccinés contre la COVID-19 au moment de leur inclusion et avaient principalement été infectés par les premières souches du SARS-CoV-2 entre 2020 et 2021.

Nous ne pouvons donc pas présumer que les mêmes taux de réactivation seraient retrouvés aujourd’hui chez des personnes vaccinées, disposant d’une immunité hybride, infectées par des variants plus récents ou ayant présenté une infection initiale légère.

Les auteurs identifient eux-mêmes cette question comme une priorité pour les prochaines recherches (Maguire et al., 2026).

Une nouvelle pièce du puzzle, pas encore la réponse

Cette étude renforce une idée de plus en plus étudiée : après une infection importante, il peut être insuffisant de considérer uniquement le virus responsable de l’événement initial.

Le SARS-CoV-2 pourrait s’inscrire dans un écosystème biologique beaucoup plus complexe comprenant les virus persistants déjà présents dans l’organisme, le système immunitaire, l’inflammation et le métabolisme.

Les résultats montrent que plusieurs virus persistants peuvent se réactiver lors d’une COVID-19 sévère et que ces réactivations s’accompagnent de changements immunitaires et métaboliques mesurables. Ils identifient également une association particulièrement intrigante entre la présence d’Anelloviridae pendant la convalescence et un profil marqué par des limitations physiques et de la fatigue.

Une association n’établit toutefois pas une causalité. Nous ne savons pas encore si ces virus participent directement aux symptômes, s’ils amplifient un dérèglement déjà présent ou s’ils constituent simplement le reflet biologique d’un système immunitaire qui ne s’est pas complètement rééquilibré.

C’est précisément cette distinction que devront explorer les prochaines études. Une nouvelle pièce du puzzle vient donc d’être posée, mais le dessin complet reste encore à construire.

À retenir

Une étude portant sur 1 154 personnes hospitalisées pour une COVID-19 met en évidence des réactivations fréquentes de virus persistants, particulièrement parmi les Herpesviridae et les Anelloviridae.

Ces réactivations étaient associées à la sévérité de la maladie ainsi qu’à différentes signatures immunitaires et métaboliques.

Elles ont également été observées chez des personnes immunocompétentes.

Pendant la convalescence, les Anelloviridae étaient associés à un profil caractérisé principalement par des limitations physiques et de la fatigue.

En revanche, l’étude ne démontre pas que la réactivation de ces virus provoque le Covid long et ne justifie pas, à elle seule, un dépistage ou un traitement antiviral systématique.

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